Т-клеточный иммунный ответ на разные штаммы коронавируса оказался разным

Ученые оценили эффективность T-клеточного иммунного ответа на 11 разных штаммов SARS-CoV-2 и создали онлайн-портал, на котором можно отслеживать влияние мутаций на взаимодействия коронавируса нового типа с белками HLA – ключевой частью приобретенного иммунитета.

Об этом пишет пресс-служба НИУ ВШЭ со ссылкой на статью в журнале Nucleic Acids Research.

"Наше исследование не выявило ни одного варианта генотипа HLA в значительной степени подверженного негативному влиянию мутаций в вирусе. Это значит, что Т-клеточный иммунитет сработает даже в ситуации, когда эффективность антител снизится", – отметил один из авторов исследования, сотрудник Высшей школы экономики Александр Тоневицкий.

За полтора года пандемии в геноме коронавируса появилось большое число мелких мутаций. Некоторые из них заметно повысили заразность SARS-CoV-2, что позволило их носителям очень быстро распространиться по планете.

Их возникновение породило опасения, что в ближайшее время могут появиться новые вариации вируса, стойкие к действию вакцин и антител переболевших людей. Российские ученые заинтересовались тем, как изменения в структуре генома вируса будут влиять на характер его взаимодействия с другим ключевым компонентом иммунитета, так называемым главным комплексом гистосовместимости (HLA).

Так ученые называют особый набор генов в шестой хромосоме человека, которые кодируют набор белков, играющих ключевую роль в приобретении иммунитета к SARS-CoV-2 и другим вирусам. Они отвечают за транспортировку фрагментов белков этих патогенов на поверхность клетки и их последующую передачу в Т-клетки, что помогает им распознавать зараженные тельца и впоследствии уничтожать их.

Геном каждого человека содержит несколько десятков вариаций генов из семейства HLA, чья комбинация определяет то, насколько он уязвим к разного рода инфекциям. Российские ученые впервые детально изучили то, как различия в устройстве шести подтипов этих генов влияли на характер взаимодействий иммунитета с разными штаммами коронавируса.

В общей сложности ученые проследили за тем, как несколько сотен наборов мутаций в генах из семейства HLA будут влиять на взаимодействия приобретенного иммунитета с десятками тысяч различных вариантов белков SARS-CoV-2. Это помогло ученым оценить то, как изменения в структуре и тех, и других молекул будут влиять на характер иммунного ответа пациентов на разные штаммы коронавируса.

В целом проведенные российскими исследователями расчеты указали на то, что мутации в геноме вируса пока не привели к появлению вариаций SARS-CoV-2, неуязвимых для действия некоторых наборов генов из семейства HLA. При этом ученые выделили несколько вариантов этих участков ДНК, чьи носители будут более подвержены коронавирусной инфекции, чем остальные люди.

К примеру, Тоневицкий и его коллеги обнаружили, что вариант HLA-B*07:02 делает человека более уязвимым для атак альфа- и дельта-вариантов коронавируса, возникших в Британии и Индии. Число его носителей достаточно высоко на территории стран Северной Европы и России, где их доля составляет около 13-19%.

Все подобные сведения ученые объединили и опубликовали на специальном онлайн-портале, который позволяет отслеживать влияние мутаций на взаимодействия коронавируса с белками HLA. Как надеются исследователи, этот сайт поможет их коллегам более точно прогнозировать действие инфекции на отдельных пациентов.